Plateforme de bioinformatique intégrative Cibi

La plateforme de Bioinformatique Intégrative du CRCM offre une large expertise en bioinformatique (intégration de données génomiques, développement d'analyses spécifiques) et gestion d'information (développement du système de gestion d'information) et assure le développement de pipelines bioinformatiques et bases de données.

Son expertise s'articule particulièrement en algorithmique, intégration de données biologiques à large débit, analyse et visualisation de données génomiques (Puces à ADN, ChIP-Chip, CGH, SNPs, et analyses d’interactions).

Pour répondre aux besoins du CRCM en termes de gestion de données, nous avons développé un système de stockage générique : Djeen. C’est un composant Joomla! permettant le stockage de données hétérogènes (fichiers et données expérimentales) Puces à ADN, Chip-Chip, Cytométrie en flux, protéomique et autres.

Nous avons plusieurs projets en analyse de réseaux d’interactions dans le cancer du sein. ITI (Interactome-Transcriptome Integration) est un pipeline pour la classification robuste de profils de transcription tenant compte de la biologie sous-jacente par superposition de profils d’expression sur un interactome humain.

Nous offrons notre expertise pour l’installation à façon de Djeen avec formation, et concevons des pipelines d’analyse sur mesure pour l’analyse et le croisement de données.

 

Responsable et contact : Dr Ghislain Bidaut
Date de création : 2008
Site : IPC
Équipe (CRCM et autres) : 2 ingénieurs