Postdoctoral Researcher in Computational Drug Design

PROJECT

This project aims at investigating machine-learning models able to identify drug-like molecules with previously unknown activity on a given cancer cell line. The most promising predictions will be experimentally validated by internal and external collaborators. The targets of the resulting phenotypic hits will be identified using existing molecular target prediction tools, including some developed in-house, to make an initial assessment of their efficacy and possible side-effects. A similar approach will be followed to identify synergetic drug combinations on a given cancer cell line. This project was funded by the competitive ANR Tremplin-ERC programme.

Further information (including how to apply): see PDF below

Master 2 Recherche "Oncologie" : Rôle de la synténine dans la progression de la leucémie

Responsable : Pascale Zimmermann – Encadrant : Raphael Leblanc

La Leucémie Myéloïde Aiguë (LAM) est liée à une prolifération anormale de blastes, des cellules hématopoïétiques devenues cancéreuses dans la moelle osseuse. Au sein de la niche leucémique, les cellules leucémiques et le micro-environnement interagissent de façon dynamique et bidirectionnelle afin de moduler la croissance et la survie de la LAM. Parmi les modes de communication intercellulaire, la sécrétion de nanovésicules, appelées exosomes, apparaît depuis quelques années comme un des acteurs majeurs de cette communication. Les exosomes permettent l’échange d’une information complexe entre les cellules qui influe grandement sur leur comportement. Bien que plusieurs études aient mis en évidence le rôle des exosomes dans la progression de la LAM, les mécanismes moléculaires associés restent peu connus. La synténine, une protéine intracellulaire découverte par notre laboratoire, contrôle la biologie d’une population d’exosomes. Elle est fortement exprimée au cours du développement précoce et ses niveaux protéiques sont anormalement élevés dans plusieurs types de cancers. Compte-tenu des évidences croissantes impliquant les exosomes dans la communication tumeur-micro-environnement, ce projet vise à clarifier le rôle méconnu de la synténine-tumorale dans la progression de la LAM, une maladie dans laquelle son rôle n'est ni étudié ni établi. La réalisation de ce projet permettra au candidat d’avoir un aperçu de l’expérimentation in vivo, mais surtout de se familiariser à différentes techniques in vitro de biologie moléculaire et cellulaire.

Concours d'attribution des Contrats Doctoraux 2017 - 2020

Formulaire
Formulaire

 

Les équipes « Polarité cellulaire, signalisation et cancer » dirigée par le Pr Jean-Paul Borg et «Biologie Structurale et Chimie-Biologie Intégrée» dirigée par les Drs Xavier Morelli/Yves Collette se focalisent sur l’identification et le ciblage de mécanismes moléculaires impliqués dans les cancers. Les deux équipes sont membres du Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (280 personnes, 19 équipes, 26 nationalités) installé au sein de l’Institut Paoli-Calmettes, un hôpital spécialisé dans la prise en charge des patients atteints de cancer, et à la Faculté de Pharmacie de Marseille.

 

Description du travail de recherche proposé au doctorant

Sujet de thèse proposé :

Titre    Ciblage du récepteur à tyrosine kinase PTK7 dans les cancers du sein

Malgré d’incontestables avancées thérapeutiques apparues au cours des dernières décennies, certains cancers du sein restent encore des défis médicaux et scientifiques. C’est le cas des cancers du sein triple négatifs appelés ainsi en raison de l’absence d’expression de HER2 et des récepteurs hormonaux, rendant les patientes inéligibles aux thérapeutiques ciblées. La recherche de cibles thérapeutiques dans ces cancers très agressifs reste donc une priorité.

L’équipe de Jean-Paul Borg a montré que le récepteur à tyrosine kinase PTK7 est surexprimé dans de nombreux cancers, dont les cancers du sein triple négatifs, et associé à un mauvais pronostic et au développement de métastases. Une caractéristique de PTK7 est l’absence d’activité catalytique de son domaine kinase, rendant inaccessible l’utilisation d’inhibiteurs kinases. PTK7 est par contre actuellement ciblé par un anticorps-médicament en phase précoce de développement clinique. Cette approche est intéressante mais n’éradique cependant pas PTK7 de la cellule tumorale.

Dans ce projet de thèse, les équipes se proposent de cibler PTK7 par une approche PROTAC (Proteolysis Targeting Chimera) récemment décrite capable de conduire à la dégradation de protéines d’intérêt par le protéasome. Cette technologie a démontré son efficacité pour éliminer des oncoprotéines dans des cellules tumorales (BCR-ABL dans les leucémies aigues myéloïdes). Grâce à un crible de chimiothèques développées par l’équipe de Xavier Morelli/Yves Collette spécialiste en biologie structurale et chimie, l’étudiant identifiera des composés chimiques bi-fonctionnels spécifiques de PTK7 et d’une E3 ubiquitine ligase capable de dégrader le récepteur. Ces composés seront ensuite testés in vitro et in vivo grâce à des modèles de cellules de cancer du sein développés au CRCM.

 

L'étudiant sera impliqué dans un programme interdisciplinaire de biologie-chimie développé en étroite collaboration avec les plateformes académiques (protéomique, conception de médicaments) et industrielles (découverte de médicaments IPC) mises en place au CRCM et à l'Institut Paoli-Calmettes.

Offre de post-doc, équipe Dynamique du Génome et Recombinaison

Un poste de postdoctorant est ouvert dans le laboratoire de Dynamique du Génome et Recombinaison, au centre de recherche en cancérologie de Marseille (CRCM), France. Ce poste est financé par l'ANR pour une durée de 3 ans.

Le postdoctorant sera en charge de développer une thématique émergente du laboratoire: l'étude du rôle de la proteine Tel1/ATM dans le controle de la formation des cassures double-brin méiotiques, en utilisant le modèle S. cerevisiae (Garcia et al, Nature 2015). 

Les candidats possèderont un doctorat en biologie moléculaire ou autre discipline proche, et auront développé au cours de leur pHD/postodoc un vif intérêt pour le domaine d'étude (stabilité du génome).

Merci de soumettre une copie de votre CV (avec les contacts de 2 ou 3 références) ainsi qu'une brève description de vos recherches et centres d'intérêt à Valérie Garcia.

Date limite de candidature: 31 janvier 2017

    Ingénieur en biologie cellulaire et moléculaire

    L’ingénieur en techniques biologiques choisira, adaptera et mettra en œuvre les techniques de biologie dans le cadre des projets scientifiques de l’équipe de recherche. Sa mission principale sera la gestion des modèles animaux de l’équipe. Ce travail de recherche s’effectuera dans l’équipe de recherche du Dr. Patrice Dubreuil.

     

    Envoyer, lettre de motivation, C.V. et références à Patrice Dubreuil

      Offre de poste de post doc en bioinformatique de 18 mois

      Deadline 14 Novembre - voir version anglaise de l'annonce pour le détail du projet et des modalités de candidature

       

      Postdoctoral Researcher in Cancer Bioinformatics

      EMPLOYER Institut Paoli Calmettes

      FUNDED BY Cancéropôle PACA

      RESPONSIBLE TO Dr Pedro Ballester

      CONTRACT Full-time postdoctoral for 1.5 years in the first instance

      CLOSING DATE Monday 14 November 2016

      STARTING DATE January 2017

      Working environment The Cancer Research Center of Marseille (CRCM) is the basic science and translational research unit of the private cancer hospital Institut Paoli Calmettes (IPC). Also affiliated to INSERM, CNRS and Aix-Marseille University, the 270 researchers working at the CRCM form a strongly multi-disciplinary research environment characterized by frequent and close collaborations with IPC clinicians. IPC and CRCM form part of the comprehensive cancer centre Marseille SIRIC (http://www.siric-marseille.fr/Les-SIRICS.html). Further information available at http://crcm.marseille.inserm.fr/uploads/media/presentation_CRCM_2015_EN.pdf

      Project

      This project aims at identifying predictive markers of ex vivo drug sensitivity in Acute Myeloid Leukemia (AML). We have molecularly profiled over 100 AML tumours so far, each tested ex vivo against 73 selected drugs (150 new profiled tumours will be available to this project in the next two years). The successful candidate will investigate the application of a range of machine learning methods to predict which drugs are most effective for a given AML tumour exploiting in-house and public data resources. This research will require interacting closely with the oncologists, cancer biologists and in-house technological platforms acquiring and profiling these tumour samples (e.g. AML-specific somatic DNA mutations, cytogenetic features and methylation patterns in gene promoters). Occasional help with the primary and secondary analysis of molecular profiling data might be required. On the other hand, a number of publications are expected to arise soon from this project. Thus, the post holder is also expected to be proficient in writing this type of research for publication.

       

      Selection criteria –Essential  A PhD degree with a major focus on computational analysis of experimental data, preferably in an area directly relevant to the project.  Experienced in the application of machine learning to solve real-world problems in the context of biomedical research.  Skilled in the implementation of R or Python scripts for scientific data analysis.  Ability to undertake high quality scientific research as demonstrated by publications.  Ability to communicate effectively in English, both orally and in writing.

      Selection criteria – Desirable  A track record of publications in AML, modelling of cancer pharmacogenomics and/or biomarker discovery will be a strong advantage.  Experienced or trained in handling, integrating, processing and analysing NGS data (especially DNA-seq, RNA-seq and ChIP-seq).  Software engineering skills using C++, C and/or Python (numPy/SciPy/scikit-learn) including version control tools (e.g. git or mercurial).

      Working knowledge of open-source chemoinformatics toolkits (e.g. RDKit or OpenBabel) and medicinal chemistry databases (e.g. ChEMBL and ZINC).  Hands-on experience in the design and implementation of relational databases using MySQL and/or PostgreSQL as well as in web programming. What we offer The successful candidate will join the Ballester group at the CRCM. This is a recently created group, which will have nine members with the arrival of the post holder in January 2017 (group leader, three postdoctoral researchers, four PhD students and one master student). Thus, there will be opportunities for the post holder to collaborate with other team members. The post holder will receive a net monthly salary of €2,000. The contract will be for 1.5 years in the first instance, with possibility of extension. The successful candidate can be supported to apply for a permanent research scientist position (e.g. Inserm CR2 or CNRS CR2) to be held within the Ballester group. Currently, three CRCM candidates per year are successful in being awarded these permanent positions. In terms of quality of life, the CRCM is located in Marseille and thus the post holder will enjoy living in an exciting multi-cultural city right by the French Mediterranean coast.

       

      How to apply Candidates must send a CV including a list of peer-reviewed publications and a covering letter (maximum two pages) to pedro.ballester@inserm.fr with subject line “cancer bioinformatics position”. This letter will explain how they meet the essential selection criteria, which desirable selection criteria are also met and how this position would fit in their future career plans. This email must also state the names and emails of three scientists familiar with their research, who are willing to provide a reference. Please also mention in the letter where did you see this position advertised.

      Deux bourses de thèse en biologie cellulaire et cancérologie

      Deux bourses de thèse en biologie cellulaire et cancérologie à partir du 1er Janvier 2017 

      Envoyer CV, lettre de motivation et les coordonnées de 2 referees par email à Pascale Zimmermann ou Jean-Paul Borg.

      Date limite : 30 Novembre 2016.

       

      Détails du projet dans la version anglaise de l'annonce :

        Ingénieur en biologie cellulaire et moléculaire (Éq. Y. Collette)

        Conception et mise en œuvre des méthodes et technologies de biologie moléculaire, biochimie, et biologie cellulaire, associées aux projets de recherche de l’équipe de recherche des docteurs Yves COLLETTE et Xavier MORELLI. Cette équipe s’intéresse aux interactions protéiques en oncologie et à leur modulation par des petites molécules.

        Contact: Yves Collette

          Offres Master et PhD

          Rejoindre l'équipe « Recombinaison homologue, NHEJ et sauvegarde de l’intégrité génomique »

          Notre centre d'intérêt consiste à déchiffrer les interactions ADN/protéines au cœur des mécanismes de maintien de l'intégrité du génome, précisément au niveau moléculaire.

          Nous entendons répondre à des questions difficiles sur les systèmes biologiques, questions qu’on ne peut adresser qu'au travers d'approches pluridisciplinaires.

          Que votre expérience relève des sciences biologiques ou médicales, de la physique, des nanotechnologies, de l'ingénierie des matériaux ou de l'informatique, que vous soyez étudiant en master (M2), postdoc ou à la recherche d'un postdoc, CR (Chargé de Recherche) ou IR (Ingénieur de Recherche), votre créativité et vos idées nous intéressent.

          Nous postulons actuellement pour des financements sur cette activité mais nous sommes disposés à travailler à vos côtés à obtenir des bourses auprès de l'ARC, de l'EMBO, de l'HFSP, de la ligue contre le cancer, de la commission européenne ou de tout autre sponsor potentiel.

          Rejoindre l'équipe « Mécanismes moléculaires de la migration des cellules tumorales »

          Master 1 et 2 et thèses :

          Le laboratoire accueille des étudiants stagiaires en Master 1 et 2, dans le cadre de l’école doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé d’Aix-Marseille Université. Les étudiants désirant poursuivre en thèse pourront postuler aux bourses de l’école doctorale.

          L’accueil en thèse peut également se faire directement au niveau de la thèse, sous réserve de présentation au concours de l’école doctorale, ou de l’obtention d’un autre type de financement.

          Les candidats à un stage post-doctoral sont incités à contacter le laboratoire au plus tôt, afin de permettre le montage d’un projet, à soumettre pour soutien financier par les organismes caritatifs. 

          Offres de PostDoc

          Two Funded Postdoctoral Positions in the team “Structure-Specific endonucleases and genome stability"

          Our laboratory focuses on understanding how structure-specific DNA endonucleases (SSEs) are controlled and how the SLX4 tumor suppressor contributes to genome stability in ways that rely or not on SSEs.

          Available projects will require extensive use of molecular biology techniques, cell culture work and will involve the development of cellular and biochemical functional assays.

          The successful candidates are expected to have obtained a Ph.D. in biology, biochemistry or related fields, published at least one first author publication in peer reviewed well established international journal and acquired training in the areas of DNA repair and/or cell-cycle control combined with solid experience in tissue culture and in cell biology and/or biochemistry.

          Funding is initially proposed for 12 months during which the candidate will be encouraged to apply for independent funding. Contingent upon job performance, we will offer an extension to the initial 12 months contract if no independent funding is obtained during the first year.

          Applicants should send a detailed CV, along with contact information of three references, to

          Rejoindre l'équipe "Signalisation, Hématopoïèse et Mécanismes de l’Oncogenèse"

          Nous sommes à la recherche de postdoctorants pour rejoindre et développer nos projets en cours. Notre équipe s’intéresse à la fonction de diverses protéine kinases et autres cibles thérapeutiques impliquées dans l’identité et la transformation cellulaire. A l’heure actuelle nos projets concernent des hémopathies, le mélanome, la signalisation intracellulaire, l’épigénétique, les inhibiteurs de kinase, et l’étude de modèles animaux originaux dérivés dans notre laboratoire.

          Notre équipe, composée de chercheurs statutaires, étudiants et ITA, apporte un soutien scientifique et matériel permettant au postdoctorant motivé de s’intégrer facilement et de développer sa recherche dans un environnement très favorable.

          Contactez-nous au plus tôt pour préparer le projet et l’accueil dans notre équipe.
          Patrice Dubreuil ou Paulo de Sepulveda

          Rejoindre l'équipe « Recombinaison homologue, NHEJ et sauvegarde de l’intégrité génomique »

          Notre centre d'intérêt consiste à déchiffrer les interactions ADN/protéines au cœur des mécanismes de maintien de l'intégrité du génome, précisément au niveau moléculaire.

          Nous entendons répondre à des questions difficiles sur les systèmes biologiques, questions qu’on ne peut adresser qu'au travers d'approches pluridisciplinaires.

          Que votre expérience relève des sciences biologiques ou médicales, de la physique, des nanotechnologies, de l'ingénierie des matériaux ou de l'informatique, que vous soyez étudiant en master (M2), postdoc ou à la recherche d'un postdoc, CR (Chargé de Recherche) ou IR (Ingénieur de Recherche), votre créativité et vos idées nous intéressent.

          Nous postulons actuellement pour des financements sur cette activité mais nous sommes disposés à travailler à vos côtés à obtenir des bourses auprès de l'ARC, de l'EMBO, de l'HFSP, de la ligue contre le cancer, de la commission européenne ou de tout autre sponsor potentiel.

          Offres diverses

          Pas d'offres dans cette catégorie

          Le CRCM est toujours à la recherche et à l'écoute de personnes motivées et engagées.

          N'hésitez pas à nous contacter.